In der Auseinandersetzung über die Tomatis-Methode werden immer wieder zwei Punkte kritisch angemerkt: fehlende wissenschaftliche Grundlagenstudien sowie sehr viele verschiedene Anwendungsgebiete.

Was die Kritik am Umfang der Anwendungsgebiete angeht, so kommt die Einschätzung aus einer symptombezogenen Betrachtungsweise. Da durch die Hörkur aber schon direkt basale Funktionen angeregt werden, ergeben sich für eine ganzheitliche Betrachtung zahlreiche regelhafte Zusammenhänge. So z.B. zwischen einer gut abgestimmten Tonusregulation und Bewegungsqualität und einer damit im Zusammenhang stehenden inneren Ausgeglichenheit und besseren Konzentrationsfähigkeit.

A. Tomatis hat schon in den 50er und 60er Jahren die zentrale Rolle des Wahrnehmungssystems Ohr für unsere Orientierung im Raum und Zeit neurologisch begründet. Er beschreibt außerdem, dass über akustische Stimulation ein hohes Maß an kognitiven Potentialen aktiviert und entsprechende Ressourcen freigesetzt werden. Dies wirkt allgemein stimulierend und kann u.a. auch Reifungs- und Entwicklungsprozesse vorantreiben. Dies erklärt die große Bandbreite der beeinflussbaren Symptomatik. Es ist richtig, dass einschlägige Grundlagenstudien fehlen. Man muss aber in diesem Zusammenhang darauf hinweisen, dass die Methode noch jung ist, und dass für physiologische und neurologische Erklärungen, die sich aus den Beobachtungen ergaben, noch nicht automatisch entsprechende Messverfahren zur Verifikation zur Verfügung standen. So ist z.B. die in den sechziger Jahren von Tomatis beschriebene efferente nervliche Versorgung des Ohres erst seit den 80er Jahren über die ottoakustischen Emissionen messtechnisch nachvollziehbar.

Allerdings konnte der positive Effekt der Tomatis-Methode schon in verschiedenen Studien in den 80er Jahren dargestellt werden. Da es sich um relativ kleine Untersuchungsgruppen handelte, wurde jeder einzelnen Studie kein besonderes Gewicht beigemessen. Es liegt nun eine von Dr. Timothy M. Gilmor ertsellte Metaanalyse der Ergebnisse dieser Studien vor. Es wurden insgesamt 231 Kinder in diese Forschung einbezogen. Der Autor weist testpsychologisch den positiven Effekt der Tomatis-Methode auf die Kindesentwicklung nach.